Posiblemente lo más fecundo del viaje papal a Chipre y Grecia hayan sido los contactos fraternos con los patriarcas y sacerdotes ortodoxos en un ámbito hasta ahora, poco ecuménico. Francisco volvió a pedir perdón a los ortodoxos de parte de los católicos por los prejuicios y brechas que han quedado como resultado de un cisma milenario.

Dijo: “No podemos quedarnos quietos esperando que los teólogos se pongan de acuerdo. Que ellos sigan estudiando y nos lleven a una plena comprensión recíproca. Pero mientras tanto avancemos junto, recemos junto, hagamos la caridad junto, trabajemos juntos por el Reino. Las obras de caridad, la educación y la promoción de la dignidad humana, pueden ayudarnos  a católicos y ortodoxos a redescubrir nuestra fraternidad”.
Francisco invitó a todos los cristianos a celebrar juntos en 2025 los 17 siglos del Concilio de Nicea. El concilio de Nicea, en la actual Turquía, convocado por el emperador Constantino en 325 cuando todavía había una sola y única Iglesia es considerado el primer concilio ecuménico de la cristiandad.

Francisco se declaró dispuesto también “a ir a Moscú o donde sea para dialogar con el hermano Kirill”, el patriarca ruso. Sin embargo el metropolita ruso Hilarion aclaró enseguida: “De una posible visita del Papa a Rusia no se ha discutido a nivel bilateral. Es posible una reunión entre el pontífice y el patriarca en un tercer país como en 2016, pero aún no se decidió ni la fecha ni el lugar”.
Con los periodistas en el avión de regreso Francisco habló del caso del arzobispo de París Michel Aupetit. Este renunció por ser acusado, no de relaciones sexuales sino de comportamiento impropio con una mujer en 2012 cuando era vicario general. El Papa dijo que “Aupetit pudo ser un pecador y todos lo somos.  No se puede exigir a la jerarquía eclesiástica que esté libre de pecado. Sería una forma de hipocresía.  Nuestra Iglesia no está acostumbrada a ver a un obispo pecador. Pero el chusmerío crece y crece hasta quitarle la reputación a una persona, que la pierde no por un pecado que puede ser perdonado, sino por el chusmerío. Luego que se le quite públicamente la reputación a uno, ya este no puede gobernar y por eso le acepté la renuncia a Aupetit”.
El Papa no justifica actitudes reprobables, pero invita  a no condenar. El 10 de octubre Aupetit celebró su última misa como arzobispo de París en Saint-Suplice, rodeado de 250 sacerdotes, 12 obispos y una multitud de fieles que lo aplaudía.
También sobre el informe Sauvé de Francia el Papa, sin quitarle valor e importancia, recordó que “no se puede condenar los abusos sexuales de setenta años atrás con la mentalidad de hoy. La esclavitud es una brutalidad para nosotros hoy; pero algo más de un siglo atrás era común. La actitud de la Iglesia sobre los abusos un  tiempo atrás era taparlos, como hacían y siguen haciendo hoy en larga medida las familias”.