El jesuita Esteban Velasquez Guerra dio a conocer algunas reflexiones sobre la masacre de El Mozote. Escribe: “Desde el norte de Morazán nos propusimos que las víctimas de la masacre de El Mozote tuvieran el mismo tratamiento judicial que el de los compañeros jesuitas de la UCA. Nos parecía de una elemental justicia. Y el hecho de ser yo jesuita me obligaba más a ello; nos debíamos mover con la misma intensidad también en el caso de otros asesinatos de víctimas inocentes…

…Los responsables de la Compañía de Jesús respondieron con el silencio, exceptuando a Michael Czerny que ahora es cardenal.

 “Tutela Legal” del arzobispado trabajó fuertemente. El juicio contra los responsables de la masacre de El Mozote empezó en octubre de 1990. Se habían perdido muchos años preciosos antes de iniciar el juicio. El obispo local siempre tuvo un silencio cómplice. Lamentablemente también para los muertos sigue habiendo clases sociales a la hora de hacer justicia por los asesinatos y crímenes de lesa humanidad. El protagonismo social de algunas instituciones  impide o retrasa causas no menos graves. Hay instituciones en la Iglesia que exigimos cosas a los demás y nosotros nos situamos a veces por encima del bien y del mal, con el derecho de juzgar a medio mundo sin juzgarnos a nosotros mismos por errores iguales o parecidos. Las leyes de El Salvador deben permitir un juicio justo, aquí mismo, para todos los crímenes que se cometieron en la guerra, empezando por el único proceso judicial que ya está abierto: el de la masacre de El Mozote”. El 29 de octubre pasado, sin embargo, la Corte Suprema de Justicia ordenó el cese del proceso penal por la masacre de los seis jesuitas de la UCA y de las dos mujeres en 1989. Ya se ha presentado un recurso para que se revoque la orden y se reanude el proceso. Todo esto significa que los autores intelectuales de estas masacres a quienes se quiere juzgar, son personas poderosas aún hoy en día.